一般にカプセルホテルやサウナは男性ONLYが多いけど、ホテルで男性ONLYっていうのは聞いたことないです。新橋で男性客しか泊まれないというのは、こっち系の発展場か、或いはカプセルホテルやサウナだと思いますよ。
大浴場があるホテルはいくつかあります。例えば、汐留の三井ガーデンホテル汐留イタリア街、大井町のアワーズイン阪急、八丁堀のホテル法華イン東京八丁堀、都内にも数カ所あるドーミーインあたり。他にも何軒かはあると思います。
ただ、大浴場があるホテルというのは、やっぱ選択肢が少ないし、別に大浴場は無くてもいいんじゃないの?って思いますよ。